Na začiatku svojej kariéry spolu s Nilesom Eldredgeom vypracoval teóriu prerušovanej rovnováhy, v rámci ktorej dochádza k relatívne rýchlym evolučným zmenám až po relatívne dlhšie obdobia evolučnej stability. Podľa Goulda revidovala bodová rovnováha kľúčový pilier neodarwinizmu. Niektorí evoluční biológovia tvrdili, že táto teória bola dôležitým poznatkom, ale len modifikovala neodarwinizmus spôsobom, ktorý bol plne kompatibilný s tým, čo bolo známe predtým.
Gould získal mnoho ocenení za svoju vedeckú prácu a populárne výklady prírodnej histórie, ale bol kritizovaný niektorými členmi biologickej komunity, ktorí mali pocit, že jeho verejné prezentácie sa v rôznych ohľadoch vymykajú hlavnému prúdu evolučnej teórie. Iní kritici zašli ešte ďalej a obvinili Goulda zo skresľovania ich práce; podobne aj sám Gould obvinil svojich kritikov zo skresľovania svojej práce. Verejné diskusie medzi tými, ktorí s Gouldom súhlasili, a tými, ktorí ho kritizovali, boli také hádavé, že ich viacerí komentátori nazvali „Darwinovými vojnami“.
Gould sa narodil a vyrastal v Queense v New Yorku, jeho otec Leonard bol súdny stenograf a matka Eleanor bola umelkyňa. Keď mal Gould päť rokov, otec ho vzal do „Siene dinosaurov“ v Americkom prírodovednom múzeu, kde sa prvýkrát stretol s Tyrannosaurom rexom. „Netušil som, že niečo také existuje – bol som ohromený,“ spomína Gould. V tej chvíli sa rozhodol, že sa stane paleontológom.
Gould, ktorý vyrastal v židovskej rodine, oficiálne nevyznával organizované náboženstvo a radšej sa označoval za agnostika. Z politického hľadiska ho síce „vychovával otec marxista“, ale cituje sa, že politika jeho otca bola „veľmi odlišná“ od jeho vlastnej. Počas svojej kariéry a písania vystupoval proti kultúrnemu útlaku vo všetkých jeho formách, najmä proti tomu, čo považoval za pseudovedu v službách rasizmu a sexizmu. Začiatkom 70. rokov 20. storočia sa Gould pripojil k ľavicovej organizácii s názvom „Veda pre ľudí“, ktorá vznikla z protivojnového hnutia. Prednášal aj na kurze s názvom „Biológia ako sociálna zbraň“, ktorý, ako vysvetľoval Gould, mal podporiť „silnú politickú a morálnu víziu toho, ako by nám veda, správne interpretovaná a využívaná na posilnenie všetkých ľudí, mohla skutočne pomôcť byť slobodnými.“ [Ako odkazovať a odkazovať na zhrnutie alebo text].
Gould bol dvakrát ženatý: v roku 1965 s Deborah Lee, čo sa skončilo rozvodom, a v roku 1995 s umelkyňou Rhondou Roland Shearer. Z prvého manželstva mal Gould dve deti, Jesseho a Ethana, a dve nevlastné deti, Jade a Londona.
Práve počas svojho boja s mezoteliómom brucha začal Gould užívať marihuanu, aby zmiernil nevoľnosť spojenú s liečbou rakoviny. Podľa Goulda malo užívanie tejto nelegálnej drogy „najdôležitejší vplyv“ na jeho konečné vyliečenie. Jeho osobný úspech s touto látkou ho viedol k tomu, že sa neskôr vo svojom živote stal zástancom lekárskej marihuany. V roku 1998 Gould svedčil v prípade Jima Wakeforda, kanadského užívateľa lekárskej marihuany a aktivistu.
Stephen Jay Gould zomrel 20. mája 2002 na metastázujúci adenokarcinóm pľúc (forma rakoviny pľúc, ktorá sa rozšírila do mozgu). Táto rakovina úplne nesúvisela s jeho mezoteliómom brucha, z ktorého sa úplne vyliečil takmer pred dvadsiatimi rokmi. Zomrel vo svojom dome „v posteli zriadenej v knižnici svojho loftu v Soho, obklopený manželkou Rhondou, matkou Eleanor a mnohými knihami, ktoré miloval“.
Gould začal svoje vysokoškolské štúdium na Antioch College, významnej škole slobodných umení v Ohiu, ktorú ukončil v roku 1963 s titulom z geológie. Krátky čas strávil štúdiom na univerzite v anglickom Leedsi – skúsenosť, ktorá mohla ovplyvniť vývoj jeho rodiaceho sa politického povedomia. Po absolvovaní postgraduálnej práce na Kolumbijskej univerzite v roku 1967 pod vedením Normana Newella sa okamžite zamestnal na Harvardovej univerzite, kde pracoval až do konca svojho života (1967 – 2002). V roku 1973 ho Harvard povýšil na profesora geológie a kurátora paleontológie bezstavovcov v Múzeu porovnávacej zoológie tejto inštitúcie a v roku 1982 mu bol udelený titul profesora zoológie Alexandra Agassiza. V roku 1983 mu bolo udelené členstvo v Americkej asociácii pre rozvoj vedy, kde neskôr pôsobil ako prezident (2000). V rokoch 1996 – 2002 bol hosťujúcim profesorom biológie Vincenta Astora na Newyorskej univerzite. Pôsobil aj ako prezident Paleontologickej spoločnosti (1985 – 1986) a Spoločnosti pre štúdium evolúcie (1990 – 1991). V roku 1989 bol Gould zvolený do orgánu Národnej akadémie vied.
Väčšina Gouldovho empirického výskumu sa týkala suchozemských slimákov. Jeho raná práca sa týkala bermudských_zemských_šnekovPoecilozonites]], zatiaľ čo jeho neskoršia práca sa sústredila na západoindický rod Cerion.
Okrem svojej práce o bodovej rovnováhe a evolučnej vývojovej biológii Gould obhajoval biologické obmedzenia a iné neselektívne sily v evolúcii. Spolu s Richardom Lewontinom boli autormi vplyvného článku z roku 1979, v ktorom kritizovali nadmerné využívanie adaptácie v biológii. Ich článok zaviedol architektonické slovo „spandrel“ v evolučnom kontexte, pričom ho použili na označenie vlastnosti organizmu, ktorá existuje ako nevyhnutný dôsledok iných vlastností a nie je vybudovaná priamo, po častiach, prírodným výberom. Relatívna frekvencia takto definovaných spandrelov v porovnaní s adaptívnymi vlastnosťami v prírode zostáva v evolučnej biológii kontroverznou témou.
Krátko pred svojou smrťou Gould vydal dlhé pojednanie, v ktorom zhrnul svoju verziu modernej evolučnej teórie, napísanú predovšetkým pre odborné publikum evolučných biológov: Štruktúra evolučnej teórie.
Gould sa stal všeobecne známym vďaka svojim populárno-vedeckým esejám v časopise Natural History a bestsellerom o evolúcii. Mnohé z jeho esejí boli znovu vydané v súborných zväzkoch, ako napríklad Ever Since Darwin a The Panda’s Thumb, zatiaľ čo medzi jeho populárne pojednania patrili knihy ako The Mismeasure of Man, Wonderful Life a Full House.
Gould bol vášnivým zástancom evolučnej teórie a na túto tému veľa písal, pričom sa snažil sprostredkovať svoje chápanie súčasných evolučných teórií širokému publiku. Opakujúcou sa témou jeho prác je história a vývoj evolučného a predevolučného myslenia. Bol tiež nadšeným fanúšikom baseballu a vo svojich esejach sa často zmieňoval o tomto športe.
Hoci bol hrdým darwinistom, jeho dôraz bol menej gradualistický a redukcionistický ako u väčšiny neodarwinistov. Bol tiež odporcom mnohých aspektov sociobiológie a jej intelektuálneho potomka evolučnej psychológie. Veľa času venoval boju proti kreacionizmu (a súvisiacim konštrukciám Creation Science a Intelligent Design) a iným formám pseudovedy. Najmä Gould poskytol odborné svedectvo proti zákonu o rovnakom čase pre kreacionizmus v prípade McLean v. Arkansas. Gould používal termín „neprekrývajúce sa magistéria“ (Non-Overlapping Magisteria – NOMA), aby opísal, že podľa jeho názoru sa veda a náboženstvo nemôžu navzájom vyjadrovať k svojej sfére.
Gould sa stal známou verejnou tvárou vedy a často sa objavoval v televízii. Raz nahovoril svoju kreslenú verziu v jednej z epizód seriálu Simpsonovci. Simpsonovci mu vzdali hold aj po jeho smrti. V epizóde s názvom Papa’s Got a Brand New Badge sa na začiatku titulkov objavil odkaz „Venované pamiatke Stephena Jay Goulda“ s obrázkom z epizódy, v ktorej účinkoval.
Gould bol mnohými ľuďmi považovaný za jedného z najvýznamnejších teoretikov vo svojom odbore. Veľký počet evolučných biológov však nesúhlasil so spôsobom, akým Gould verejne prezentoval svoje názory. Napríklad John Maynard Smith si myslel, že Gould banalizoval úlohu adaptácie a preceňoval možnú úlohu mutácií s veľkým účinkom. V nedávnej recenzii knihy Daniela Dennetta Darwinova nebezpečná myšlienka Maynard Smith napísal, že Gould „poskytuje nebiológom do značnej miery falošný obraz o stave evolučnej teórie“. Maynard Smith však nebol dôsledne negatívny, v recenzii knihy The Panda’s Thumb (Pandí palec) napísal, že ma často „rozčuľuje, ale dúfam, že bude rovno pokračovať v písaní takýchto esejí“. Maynard Smith patril aj k tým, ktorí privítali Gouldovo oživenie evolučnej paleontológie.
Jedným z dôvodov takejto kritiky bolo, že sa zdalo, že Gould prezentuje svoje myšlienky ako revolučný spôsob chápania evolúcie, ktorý odsúva prirodzený výber do oveľa menej dôležitej pozície. Mnohí neodborníci tak nadobudli presvedčenie (vďaka jeho skorým prácam), že darwinovské vysvetlenia sa ukázali ako nevedecké (čo Gould nikdy nechcel naznačiť). Jeho práce sa niekedy používali vytrhnuté z kontextu ako „dôkaz“, že vedci už nerozumejú tomu, ako sa organizmy vyvíjajú, čo dávalo kreacionistom muníciu v ich boji proti evolučnej teórii. sám Gould niektoré z týchto nesprávnych interpretácií a skreslení svojho učenia v neskorších prácach opravil.
Gould mal tiež dlhoročný spor s E. O. Wilsonom, Richardom Dawkinsom a ďalšími evolučnými biológmi o sociobiológiu a jej potomka evolučnú psychológiu, proti ktorej Gould ostro vystupoval, ale Dawkins, Daniel Dennett, Steven Pinker a ďalší ju silno obhajovali. Gould a Dawkins sa nezhodli ani v názore na význam génového výberu v evolúcii: Dawkins tvrdil, že celá evolúcia je v konečnom dôsledku spôsobená konkurenciou génov, zatiaľ čo Gould obhajoval význam konkurencie na vyššej úrovni, vrátane, ale nie výlučne, druhového výberu. Silnú kritiku Goulda možno nájsť v Dawkinsovej knihe The Blind Watchmaker a Dennettovej knihe Darwin’s Dangerous Idea. Dennettova kritika bola skôr tvrdšia, zatiaľ čo Dawkins Goulda chváli v iných evolučných témach, než sú tie sporné. Pinker obviňuje Goulda, Lewontina a ďalších odporcov evolučnej psychológie, že sú „radikálni vedci“, ktorých postoj k ľudskej prirodzenosti je ovplyvnený skôr politikou ako vedou. Gould oponuje, že sociobiológovia a evoluční psychológovia sú často silne ovplyvnení, možno nevedome, vlastnými predsudkami a záujmami.
Gouldovu interpretáciu kambrických fosílií z Burgesských bridlíc v jeho knihe Wonderful Life kritizoval Simon Conway Morris vo svojej knihe The Crucible Of Creation z roku 1998. Gould zdôrazňoval „podivnosť“ fauny burgesských bridlíc a úlohu nepredvídateľných, náhodných javov pri určovaní, ktorí príslušníci tejto fauny prežili a prosperovali. Conway Morris zdôraznil fylogenetické väzby medzi formami z Burgess Shale a modernými taxónmi, najmä význam konvergentnej evolúcie pri vytváraní všeobecných predvídateľných reakcií na podobné environmentálne podmienky. Paleontológ Richard Fortey poznamenal, že pred vydaním knihy Wonderful Life Conway Morris zdieľal mnohé Gouldove pocity a názory. Až po vydaní knihy Wonderful Life Conway Morris prehodnotil svoj výklad a zaujal deterministickejší postoj k histórii života.
Gould bol tiež autorom knihy The Mismeasure of Man (1981), ktorá je históriou a skeptickým skúmaním psychometrie a testovania inteligencie. Gould skúmal mnohé techniky kraniometrie 19. storočia, ako aj súčasné psychologické testy – a tvrdil, že sa zbytočne vyvinuli z nepodloženej viery v biologický determinizmus. Kniha The Mismeasure of Man (Nesprávne meranie človeka) vyvolala azda najviac polemík zo všetkých Gouldových kníh a bola predmetom širokej chvály (zo strany skeptikov) a rozsiahlej kritiky (zo strany psychológov) – vrátane tvrdení niektorých vedcov, že Gould skreslil ich prácu.
John Maynard Smith, jeden z popredných svetových evolučných biológov, nedávno v NYRB zhrnul ostro protichodné hodnotenia Stephena Jay Goulda: „Vďaka vynikajúcim esejám ho nebiológovia považujú za najvýznamnejšieho evolučného teoretika. Naproti tomu evoluční biológovia, s ktorými som diskutoval o jeho práci, ho považujú za človeka, ktorého myšlienky sú také zmätené, že sa ním sotva oplatí zaoberať, ale za človeka, ktorého by sme nemali verejne kritizovať, pretože je aspoň na našej strane proti kreacionistom.“ (NYRB, 30. novembra 1995, s. 46). Nikto nemôže mať radosť z očividnej bolesti, ktorú Gould prežíva teraz, keď sa konečne začína viac hovoriť o jeho skutočnom postavení v komunite profesionálnych evolučných biológov. . . Ako však upozorňuje Maynard Smith, v hre je viac. Gould „poskytuje nebiológom do značnej miery falošný obraz o stave evolučnej teórie“ – alebo ako hovorí Ernst Mayr o Gouldovi a jeho malej skupine spojencov – „celkom nápadne skresľujú názory popredných predstaviteľov [biológie]“. Vskutku, hoci Gould charakterizuje svojich kritikov ako „anonymných“ a „malú skupinku“, takmer každý významný evolučný biológ našej éry sa pričinil o márnu snahu napraviť spleť zmätkov, ktorými intelektuálny svet zaplavil vyššie postavený Gould.* Nejde o to, že Gould je objektom nejakej kritiky – tak sme na tom všetci správne -, ale o to, že jeho povesť dôveryhodnej a vyváženej autority v oblasti evolučnej biológie medzi tými, ktorí sú v profesionálnej pozícii, neexistuje. * Patria k nim Ernst Mayr, John Maynard Smith, George Williams, Bill Hamilton, Richard Dawkins, E. O. Wilson, Tim Clutton-Brock, Paul Harvey, Brian Charlesworth, Jerry Coyne, Robert Trivers, John Alcock, Randy Thornhill a mnohí ďalší.